Có nhiều giả thuyết khác nhau về nguyên nhân chính xác của bàn chân khoèo. Các nghiên cứu vẫn chưa xác định được nguyên nhân gốc rễ, nhưng nhiều phát hiện thống nhất một điểm "khả năng cao có nhiều hơn một nguyên nhân khác nhau và ít nhất trong một số trường hợp hiện tượng bệnh lý xảy ra do kết quả của một ngưỡng của các yếu tố khác nhau tác động cùng nhau." [8] Các bệnh lỳ đi kèm phổ biến nhất là khoèo khớp ngoại biên và giãn màng tủy . [3]

Một số nhà nghiên cứu đưa ra giả thuyết, từ những giai đoạn phát triển ban đầu của con người, bàn chân khoèo được hình thành do một sự trục trặc trong thai kỳ. Chọc dò dịch ối sớm (11–13 tuần) được cho là làm tăng tỷ lệ bàn chân khoèo vì có thể làm tăng khả năng rò rỉ ối do thủ thuật.[cần dẫn nguồn] Sự kém phát triển của xương và cơ ở bàn chân phôi thai có thể là một nguyên nhân khác. Vào đầu những năm 1900, người ta từng cho rằng sự co thắt vào bàn chân bởi tử cung góp phần gây ra hiện tượng bàn chân khoèo.[cần dẫn nguồn]

Sự kém phát triển của xương cũng ảnh hưởng đến các cơ và mô khác của bàn chân. Sự bất thường ở mô liên kết gây "tăng mô sợi trong cơ, cân, dây chằng và bao gân". [8]